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Module Bidasoa

(notice en progrès, j.l., 22.09.04)

Auteurs

Jacques Labonne (1), François de Coligny (2)

(1) UMR INRA - UPPA ECOBIOP Ecologie COmportementale et BIOlogie des Populations de poissons Station d'Hydrobiologie, Quartier Ibaron 64310 Saint-Pée-sur-Nivelle tel: +33 (0) 5 59 51 59 85

(2) INRA - UMR AMAP botAnique et bioinforMatique de l'Architecture des Plantes TA40/PS2, Boulevard de la Lironde 34398 Montpellier Cedex 5 (FRANCE) tel: +33 (0) 4 67 61 71 68

Objectifs

Le module Bidasoa est une expérience visant à modéliser les comportements de dispersion/migration et reproduction de poissons (le modèle présent est la truite Salmo trutta) dans des systèmes hydrographiques de grande taille (bassin versant de la Bidasoa en l'occurrence).

Description

Le modèle tient compte de la structure spatiale de l'habitat, de la fragmentation des rivières, et du comportement des individus (déplacement, reproduction, mortalité, croissance).

La structure spatiale est représentée par une arborescence d'unité de tailles variables nommées tronçons, entrecoupées par des seuils (réels ou virtuels). Chaque unité d'habitat, tronçon comme seuil, possède ses propres caractéristiques et reconnait ses plus proches voisins gràce à un schéma de connexion lu à l'initialisation du modèle.

Les poissons sont généralement modélisés à l'échelle individuelle, à l'exception des juvéniles qui peuvent selon les choix de l'utilisateur être modélisés en cohortes pour un bénéfice de performance. Chaque poisson se déplace de tronçon en tronçon, selon la présence ou l'absence de seuil, et selon les règles spécifiées par l'utilisateur. En période de reproduction, les poissons effectuent des déplacements plus importants appelés migration. Cette migration peut etre aléatoire, habitat-dépendante, mais peut aussi refléter le “homing”, retour au lieu de naissance (non encore programmé). La croissance et la mortalité des poissons sont liées aux caractéristiques d'habitat du tronçon, ainsi qu'a l'âge des individus.

Sont prévus: - l'intégration de phénomènes densité-dépendants afin de limiter la croissance des populations et refléter la capacité limite des habitats - l'inplémentation d'une carte génétique pour chaque individu, comportant un nombre variable de loci et d'allèles, neutres ou sélectionnés (collaboration avec C. Pichot, module Genetics) - un système de simulation de la distribution initiale des poissons - un système de simulation en mode script - des interveners comparables à ceux proposés dans les modules d'écologie des peuplements forestiers;

Ce module est pour l'instant autonome, mais n'est pas encore en licence libre; il ne nécessite que la plateforme CAPSIS 4 pour fonctionner (laquelle est sous licence GNU Lesser GPL).

Entrées

Description fichier inventaire:

Le module Bidasoa utilise un format d'entrée comportant des données habitat, une ligne par tronçon, des données de fragmentation, une ligne par seuil, ainsi que des données populationnelles, une ligne par poisson:

Données tronçon:

ID : numéro unique identifiant chaque tronçon

address : chaîne de caractère permettant de dresser le schéma de connexion des tronçons et des seuils (voir Pradelle 2003 DESS)

order : ordre de taille du tronçon d'apres Strahler

length : longueur (m)

meanWidth : largeur moyenne (m)

slope : pente (%)

bank : présence de ripisylve (0 à 2)

substratum : scores de granulométrie répartie en six classes (voir Pradelle 2003 DESS)

drainageArea : superficie du bassin de drainage (km²)

drainageOccupancy : pourcentage d'occupation du sol du bassin de drainage (forêt, buisson, prairie, zone urbaine, zone immergée)

fish : Identifiants des poissons initialement présents

origin : vertex 3D d'origine

end : vertex 3D de fin

Données seuil:

ID : numéro unique identifiant chaque seuil

fishPass : présence de passe à poisson

passability : franchissabilité du seuil

origin : vertex 3D d'origine

address : chaîne de caractère permettant de dresser le schéma de connexion des tronçons et des seuils (voir Pradelle 2003 DESS)

Données poisson: (en modification)

ID : numéro unique identifiant chaque poisson

forkLength : longueur fourche

dispersalProba : probabilité de dispersion

movementProba : probabilité de mouvement

sex : sexe

age : âge

spawningAge : âge de maturité

survivalProba : probabilité de survie

justMoved : le poisson vient de se déplacer.

Exemple de fichier d'inventaire:

// input file for model Bidasoa.

//Reach
//data types                                                   
//int    string        int    short    short    float    bytes    float? Short ?    short    float    collection    vertex3D    vertex3D
//ID    address        order    length    meanWidth    slope    bank    substratum    drainageArea    drainageOccupancy    fishs    origin    end
1    wmwdwdwswswgwswg    1    3448    2.41    12    0    {2.05;5.9;8.32;10.27;7.84;2.43}    2.660153    {25.1676;59.3289;15.5035;0;0}    {1;2}    (620298.7,4785422.71,0)    (623339.99,4784855.42,0)   
2    wmwdwmwg    1    1437    1.33    11    0    {1.89;4.76;9.17;11.36;6.54;3.26}    0.63644    {27.1123;13.4965;57.9215;0;1.46981}    {3;4}    (621521.8,4783304.51,0)    (622654.4,4782519.51,0)   

//Weir  
//data types                                                                            
//int    boolean    bytes    Vertex3D    string                               
//ID    fishPass    passability    origin    address                               
1    1    0    (623277,4783238,267)    wmwdwdwsw
2    1    2    (623506,4783537,263)    wmwdwdwswsw

//Fish     
//data types                            
//int    float    float    float    boolean    byte    byte    float    boolean
//ID    forkLength    dispersalProba    movementProba    sex    age    spawningAge    survivalProba    justMoved
1    25    0.5    0.1    2    14    18    0.98    0
2    25    0.5    0.1    2    19    18    0.98    0

Sorties

Pour analyser les caractéristiques des peuplements du module Bidasoa, on peut utiliser les Visus et graphiques de Capsis. Une sortie spécifique des résultats de simulation en mode script peut être envisagée.

help_fr/bidasoa.txt · Last modified: 2013/05/23 08:25 (external edit)